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Ist wahrscheinlich eine Einstellungsfrage im Bios des PC. Meistens irgendwo unter Energieoptionen oder so ähnlich, je nach Bios verschieden. Dort bei "Wake Up" und "USB" auf "disable" stellen, mit Taste F10 beenden und dann sollte es gut sein.
Hast Du im iTunes unter DATEI>"dein ipod" synchronisieren (der fünfunterste Eintrag, Dein iPod kann natürlich auch sonstwie heissen) keine Möglichkeit zu synchronisieren?