Lass das mal mit MediaInfo auslesen:

mediainfo.sourceforge.net/de

und frag mal "may24" hier aus dem Forum, der hat bei sowas viel mehr Ahnung.

Dann schicke sie "may24" mal zusammen mit diesem Thread (Link dazu)

Ich denke der kann da besser Helfen.

OK Gentleman:

Dem Screenshot zufollge muß ich einige "Annahmen" machen da er nicht so aufschlußreich ist wie ich gehofft hatte.

Ist das der "fertige" Clip ? -> Ich denke nicht, da 720x576 soweit ich weiß nicht vom iPod wiedergegeben werden kann. Max lat spec ist 640x480 ...
Aber erst mal egal. Ich gehe weiterhin davon aus das es quasi ein DVD rip ist da 720x576 16:9 ein anamorphes Format ist und praktisch auf allen 16:9 DVD's vorkommt.
Das ist ein Trick um (Video)Daten besser zu komprimieren.
Normalerweise ist das PAL Bild 1024x576 Pixel und 24Bit farbauflösung. Das ergibt eine Brutto Größe von 14.155.776 Bytes(unkomprimiert)
Da unser Auge Vertikale Verzerrungen eher warnimmt als Horizontale, deformiert man das bild auf 720x576. Das ergibt eine Brutto Größe von 9.953.280 Bytes(unkomprimiert).
Das ist eine Ersparnis um 4.202.496 Bytes (unkomprimiert). Das Bild muß aber danach wieder gedehnt werden um das Richtige Seitenverhältnis zu bekommen.
16:9 = 1,7777 720:575 = 1.25
Bei heutigen Formaten macht man das eigentlich nicht mehr, da mpeg-4 AVC gegenüber mpeg-2 (was auf der DVD verwendet wird) viel besser komprimiert und Speicherplatz auf BluRay (und Co.) genügend zur Verfügung steht.
Und genau das ist hier das "Problem".
Wie auch immer, der Converter nimmt das original Video mit seinen 720x575 Pixeln, ließt das Seitenverhältnis aus (1,25) und behält dieses bei. Normalerweise ist das auch richtig so denn PC Videos haben ein Seitenverhältnis von 1:1
Nur in unserem Fall mußt du ihm entweder sagen das er es "entzerren" soll d.h. auf die 1024x576 strecken und dann neu kodieren oder du setzt im .mp4 Container ein Flag, das dem Video Player sagt: Der Clip muß im Seitenverhältnis 16:9 wiedergegeben werden - bitte strecke das Video.
Laut deinen Angaben: "Wenn ich es aber ganz normal mit Quicktime wiedergebe also ohne iTunes läuft es einwandfrei." ... könnte man davon ausgehen das besagtes Flag zwar bereits gesetzt ist, der iPod Player dies aber ignoriert.
Dazu müßte Mediainfo ein paar mehr deteils preisgeben!
Wie auch immer, wenn das Flag gesetzt ist und nicht berücksichtigt wird, kann das diverse Gründe haben.
1. Es ist flasch gesetzt - Mediainfo details ?
2. Es ist gar nicht gesetzt - Der Player geht von 1:1 Seitenverhältnis aus (das ist default)
3. Der Player ignoriert es wei er kein anamorphes Format verarbeitet.
Ich gehe mal von Grund 3 aus. Die Hardwarekapazität ist bei hand-held Devices meist sehr beschränkt. Und trotz dual-CPU ist das beim iPod nicht anders. Das ist eine Design Frage. Verarbeitete Hardware gegen Preis. Und Gewinn will Apple auch nich machen ...
Mit anderen Worten, Um anamorphes Format zu strecken ist zusätzliche Rechenkapazität (postprocessing in diesem Fall) nötig. Das kostest CPU power und Speicherplatz den man sparen kann wenn das Video gleich das richtige Seitenverhältnis hat.

Um dein Problem zu lösen, mußt du also das Bild vorher entzerren und dann neu codieren. Jetzt weiß ich nicht welche Application du verwendest.
Die Hardcore Leute wie ich benutzen natürlich nur die Kommandozeile
Aber meinen Tests nach hat zur Zeit Handbrake eindeutig die Nase vorn: handbrake.fr/
Und denk drann das Seitenverhältnis width & height im "Picture tab" richtig zu setzen. Für 16:9 480x272 und für 4:3 432x324 ... das gibt zwar auch leichte Verzerrungen die du aber nicht wahrnehmen wirst und diese Auflösungen liefern die besten Korpressionserbebnisse weil sie mod16 sind.

Kompliziert ??? Was ? Aber nein, das war doch nicht kompliziert. Wenn du dich mal genauer mit Videocoding beschäftigst und anfängst zu verstehen wie z.B. das Mpeg-4 Verfahren aufgebaut ist, dann wird's kompliziert

Was für 'ne Fehlermeldung bekommst du denn mit Handbrake ?
Und DVD unter HB -> Source -> DVD/Video vts Folder ...

Xmedia Recod ist nicht gerade der Hit, weil du praktisch Null Konfigurationsmöglichkeiten hast. Oder um's anders zu nennen: Tritt ein Problem auf, hast du keine Chance was dagegen zu tun da das Programm dich nicht läßt.
Deshalb am Besten gleich wieder deinstallieren.

Was du an Problemen beschreibst ist tatsächlich ganz was anderes. Obwohl mein Post immer noch voll zutrifft bzw. anzuwenden ist, haben Ruckler meist andere Ursachen. Das kann daran liegen das nicht sauber codiert wurde oder in seltenen Fällen das Programm meint eine Normwandlung won NTSC <-> PAL oder sonst was zu machen ... das läßt sich allerdings nicht "ferndiagnostizieren". Kannst du mal 'n Teil irgentwie hochladen - nicht den Ganzen Film nur soviel das man den Effekt sieht.
Das der Ton nicht Lippensynchron ist hat ebenfalls andere Ursachen. Wahrscheinlich ist die Tonspur schon vorher versetzt. Dieses Offset mußt du vorher korrigieren, da ich leider feststellen mußte das auch wenn ich im .mp4 Container eine Korrektur eintrage (Audio Delay) diese ignoriert wird.

Und an dieser Stelle wird's ein wenig komplizierter Denn jetzt mußt du Bild und Ton trennen und einzeln weiterverarbeiten.
Obwohl, bei der DVD ist das kein großer Act ... Aber verabschiede dich schon mal vom Gedanken das du das mit nur einem Tool ala fire-and-forget (oder auch Single Click) Lösung hinbekommst.
Der Weg ist etwas steiniger, führt aber definitiv zum Ziel und du lernst einiges ! Also nicht gleich verzagen.

1. Was für ein Betriebssystem benutzt du ? Win XP/Vista - win 7 - Linux - MacOS ?
2. Was willst du von der DVD haben. Den Hauptfilm, Kapitel, einige Szenen, Extras oder Teile die in bestimmter Reihenfolge zusammengestzt werden sollen ... ?

Ich weiß schon warum ich zum Thema Video nur rudimentäre Sache äußere

Source --> Video TS Folder.

Dann wird die DVD geladen.