Du musst die Einstellung bei deinen Geräten auf manuelle Auswahl stellen.

steht da bei dir wirklich verhindern? kann jetzt leider nicht auf itunes zugreifen und gucken, wie es wörtlich heisst. Aber das Ergebnis wäre ja das Gleiche. nicht automatisch - somit manuell!

Wenn es dann trotzdem automatisch läuft, weiss ich keinen Rat, leider.

Das mit dem "automatisches Synchronisieren verhindern" hat damit nix zu tun - das sorgt nur dafür , das iTunes nicht sofort losrödelt mit synchronisieren , sobald man das Kabel ransteckt. Dann muss man noch "Synchronisieren" klicken ...
Wenn du das iPhone / den iPod rangesteckt hast , dann klick mal das iPhone / iPod an und dann auf den Reiter "Apps" oben rechts in dem großen Fenster. Dort kannst du dann für beide Geräte einzeln auswählen (immer für das , was angeklickt ist - das funktioniert auch , wenn beide Geräte gleichzeitig angesteckt sind - dann wird immer das angewählte angezeigt , sonst logischerweise nur das was dransteckt), welche Apps synchronisiert werden sollen ! Unten gibt es noch den Haken "Neue Apps automatisch synchronisieren" , wenn du nicht willst , das eine neu gekaufte App automatisch auf beide Geräte gesynct wird , dann mach den raus - wenn du die App z.B. auf den iPod haben willst , dann musst du halt den iPod anstecken und unter "Apps" diese neue App anhaken.

EDIT: Wichtig... gemeint ist das "App" - Fenster des Gerätes , nicht das der Mediathek !!!