Einfach das automatische synchronisieren ausschalten und den iPod manuell befüllen!
Lässt sich in iTunes im iPod Menü ändern.

Software?

Auch iTunes synchronisiert nur das was du willst!
Mann muss sich halt nur mal ein bisschen mit der Materie beschäftigen!
Wenn das Video nicht mehr auf deinem Rechner ist, kannst du synchronisieren mit was du willst, auch da wird das Video gelöscht!

Wie Mapo schon sagt, beschäftige Dich mit der Materie, dann verstehst Du auch seine (unsere) Tips hier im Forum. Manuelle Synchronisation bedeutet nichts anderes, als dass Du Deinen iPod händisch befüllst. Fast wie mit einem MP3-Stick, nur halt über iTunes als Zwischensoftware.

Die Definition von "Synchronisation" ist übrigens folgende:
Herstellen von Gleichzeitigkeit

Ist der Film auf Deinem Rechner gelöscht und Du synchronisierst den iPod mit dem Rechner - egal über welche Software - wird der Film vom iPod gelöscht, da die Sync den selben Zustand auf dem iPod herstellt wie auf dem Rechner (= Ausgangslage).

Dann werden weder nicht vorhandene Filme gelöscht, noch neu hinzugefügte Filme neu übertragen (automatische Sync).